Kuperjanovi ja Pepleri tänava nurgal asuv Tartu Maarja kirik pühitseti 1842. aastal kihelkonnakirikuks ja oli esimene eestlaste rajatud kirikuhoone Tartus. Klassitsistlikus stiilis hoones sai kogudus tegutseda päevapealt 99 ja pool aastat, kuni 12. juulil 1941. aastal kirik süütemürskudest tabatuna maha põles. Nõukogude perioodil leidis kodutu kogudus peavarju erinevates Tartu kirikutes, Maarja kirik aga ehitati ümber tollase Eesti Põllumajandusakadeemia (EPA) võimlaks.

Maarja kirik tagastati kogudusele 2008. aastal ning kogudusel on kindel nõu kirik taas pühakojana üles ehitada. 2010. aastal loodi sihtasutus Tartu Maarja Kirik, kes ülesandeks ongi tegeleda taastamistööde korraldamisega. Toimunud on projektikonkurss ja kinnitatud võidutöö “Noa”, mille autoriks on arhitektuuribüroo KOKO. Kiriku renoveerimistööd on käimas.

Tartu Maarja koguduses (Õpetaja tn 5) toimuvad jumalateenistused igal pühapäeval algusega kell 13.