EELK Mustamäe Maarja Magdaleena kogudus on asutatud 23.novembril 2010.

Uue kiriku ehitust alustati aastal 2017 ja 25.augustil 2019 kolis kogudus ühte väiksesse ruumi. Järgmiste aastate jooksul toimusid sealsamas kõik koguduse tegevused: laste- ja noortetöö, eakate kohtumised, piiblitunnid, kohtumisõhtud, koolitused, koosolekud, palvused ja igapühapäevased jumalateenistused.
2023. aasta suvel jätkusid ehitustööd kiriku sees ning 2.juunil 2024 pühitsetakse kirik pühakojaks.

Aastatel 2021 ja 2022 toimusid detsembrikuus kirikusaali ruumis jõululoo muusikali “Valgus valguses” ettekanded, kuhu olid kaasatud koguduse lapsed, koguduse liikmed ja sõbrad, külalisesinejad ning Misjonikoor Maarja Vardja juhatusel.

2024. aastal on suur rõhk Taizé Tallinn aastavahetuse Euroopa noortekohtumise ettevalmistamisel ja korralduse abistamisel.