Paistu kirikut on esimest korda mainitud 1329 seoses leedulaste rüüsteretkega. Esimene teade Paistu vaimuliku kohta pärineb pisut varasemast ajast – 1234. aastast. Tornita kivikirik ehitati arvatavasti 13. sajandi viimasel veerandil.
 17. ja 18. sajandi sai kirik sõdades ja 1817 piksepõlengus tugevalt kannatada. Praeguse ilme sai Paistu Maarja kirik XIX sajandi algul tänu oma tornile, mille kõrgus maast tornikukeni on 44 meetrit. Samuti rajati sel ajal külgtornid.